藥王廟位于崇文區(qū)東曉市街。占地20余畝。始建于明末天啟年間，為武清侯所建。因明、清兩代京藥王廟很多，故又稱位于外城天壇之北的這座藥王廟為南藥王廟，其規(guī)模比其它藥王廟為大。
廟的主要建筑分東、西兩部分，西部是寺廟形式：山門門額鐫刻“敕封藥王廟”，門前原有兩尊大鐵獅子，進(jìn)山門有一對大旗桿，每年臘月至正月底，旗桿上掛大紅燈籠，旗桿后有報時的鐘、鼓樓。
南藥王廟有三層大殿。第一層大殿為藥王殿，面闊3間，東、西兩側(cè)配殿各3間。正殿中供奉伏羲神農(nóng)、黃帝塑像及藥圣孫思邈、藥王韋茲藏。大殿兩側(cè)，分別站立十大名醫(yī)。東配殿供馬王爺和龍王爺，西配殿供月下老人。第二層正殿和配殿與第一層的建筑形式、規(guī)模相同。正殿為玉皇殿，供奉玉皇大帝，東站立四大天王，西列兵器。東配殿供斗母娘娘，西配殿供奉九位圣母。第三層大殿是三清殿，面闊5間，正中供奉玉清元始天尊、上清靈寶天尊、太清太上老君。兩側(cè)分別供著道教所信奉的其他十幾位天神。三清殿兩側(cè)設(shè)有配殿，院內(nèi)東、西兩邊立著30余座石碑，碑文分別為修建各大殿時知名人士的題詞和題記，今均已無存。在三清殿正西，與它并排而立的還有一座二層小樓，樓下是關(guān)公殿，樓上為唐明皇殿。東部的建筑貫穿在南北軸線上。與山門并列平行的有一排臨街罩房，面對罩房第一層殿是呂祖殿，供奉八仙之中的呂洞賓，其后有文昌殿、真武殿。真武殿后有一座戲樓，戲樓北是藥王寢宮，宮內(nèi)供奉著藥王爺和十大名醫(yī)，在它西邊還有一個小配殿，供財神爺趙公明。
最后是一棟二層上下開問各七間半的木樓，樓上供奉東王公、太陽公、東岳大帝、灶王爺、南北五祖等幾十位神像，多為木雕或銅鑄，樓下存放祭神的用品雜物。東邊有七、八個小院落，多為僚舍。
東部廟房多已拆除，西部除山門以外，主要三層大殿及配殿至今尚保存完整。
春夏秋冬四季分明。春季始于4月初，終于6月初。氣溫從冬季的嚴(yán)寒，轉(zhuǎn)回暖，但有時出現(xiàn)倒春寒天氣。晚春回暖快，白天熱，夜晚冷，溫差大。夏季始于6月初，終于9月初。日照充足，氣溫高，多炎熱氣候。7月份平均氣溫26℃。
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位于崇文區(qū)東曉市街
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